计算机应用研究所成立于2002年。自创建以来，坚持“应用开发为主，重视理论研究，科研回归教学”的核心原则，围绕中药固体制剂设备信息化、中药工序信息化、四诊信号处理与分析三大领域中的核心问题，综合中医、中药、机械自动化、大数据与管理科学等领域的最新技术，依托江西中医药大学计算机学院、中药固体制剂制造技术国家工程研究中心，协同多家企事业单位、省内外知名院校和科研机构，聚焦“中医/中药-机械自动化-信息技术”多维耦合应用技术的专项研究，旨在实现核心技术的突破、相关电子/软件产品的产业化，并服务于我校教学/科研的创新式人才培养模式的建立。